两票制后，原来主要依靠“洗票”获利、为主营业务的商业公司将会消亡。但，业界最为关注的是百万医药自然人的何去何从，说百万医药自然人消亡有些言过其实，但是，转型仍是必然。高开票估计会成为不少药企的选择，自然人的转型是高开票下的转型。
而企业“高开票”后，针对药品生产企业会带来如下变化情形：1)经营模式的变化;2)纳税水平变化;3)佣金提取困难;4)商业管理升级;5)综合实力竞争。
首先，经营模式的变化
药品生产企业“高开票”后，必需将以前“底价代理模式”必需转变为“佣金制代理模式”或自建“办事处销售模式”。自建办事处销售药品，对于绝大多数药品生产企业来说，既不现实，也非必需。
因为，药企不可能在短时间内能够解决人力资源匮乏问题;对于话语权不强的企业(例如产品同质化非常严重的企业)，销售模式的变化还会带来现有市场销售资源丢失的风险。
因此，“佣金制代理模式”必将应运而生。所谓“佣金制代理模式”，就是将现有代理商转制为生产企业的“准员工”，是生产企业的销售成员之一，主要负责产品的医院开发和临床推广。
按照销售业绩，代理商从生产企业直接获得“销售佣金”，成为其合法的、部分劳动报酬的来源。“佣金制代理模式”依然是代理制，业内部分人士宣称的“药品代理制会死忘”的结论显然是哗众取宠、言过其实。但，转型是必然，而佣金制下代理商合法的劳动报酬会有所降低，因为无法逃避税收了。
其次，企业纳税水平的变化
药品生产企业“高开票”后，生产企业纳税水平将有可能是底价代理体制时代的3～4倍。对于国家和地方政府来说，这确实是一件好事。但是，对于生产企业来讲，会有面临被当地工商、税务部门问责的风险。同样一箱药品为什么以前销售价格那么低?原来低价销售是不是有意低价倾销、逃避税收?应不应该补税?等等。
因此，在销售体制发生变革的情形下，药品生产企业应该将国家政策的变化带给生产企业销售体制的变化主动向当地政府有关部门解释清楚，寻求他们的理解与支持。毕竟，为了适应国家新的药品管制措施，企业销售体制的变化带给当地政府部门税收的显著增加，有利于地方财政建设。
据笔者所知，四川A企业、天津B企业等自2012年4月份开始高开票后，在这方面主动和当地政府有关部门进行的交流，获得了地方政府有关部门的理解与支持。同时，由于实行佣金制代理模式后，企业在解决代理商销售佣金时增加了部分税收负担，通过显著增加纳税水平后，还有可能通过地方税收返还弥补企业这部分额外支出。
第三，佣金提取困难
在“底价代理模式”下，代理商是通过中间商业公司完成“洗票”和“提取佣金”业务的，在此情况下，中间商业公司往往利用“进项多、出项少”，或干脆做违法动作，代理商提取佣金是不需要提供冲帐发票的。
在“佣金制代理模式”下，代理商从药品生产企业提取销售佣金则必需提供合法的冲帐发票。随着销售规模不断增长，代理商提供合法的冲帐发票也会越来越困难，势必考验企业财税处理能力。无论是代理商还是药品生产企业，均有可能需要花钱购买“合法”冲帐发票。这就是代理商或/和生产企业销售利润会有所降低的另一个原因。
第四，企业管理升级
在“底价代理模式”下，商业企业(实际配送商业)是由代理商进行管理的。在“佣金制代理模式”下，生产企业直接开票给配送商业，配送商业直接回款给生产企业。因此，生产企业必需对配送商业进行整合和直接管理，企业必需建立商务管理队伍。
其次，药品生产企业不能再完全依赖代理商做各地政府事务(例如物价备案、药品招标等)，需要逐步建立政府事务公关队伍。再之，企业必需提供完整、全面的市场营销方案，在配备相应专业推广队伍的情况下，协助代理商落实产品市场营销方案。
第五，综合实力的竞争
在“佣金制代理模式”下，由于代理商的盈利水平有所下降，代理商的趋利行为将考验企业的话语权，考验企业的管理水平，考验企业的产品属性。
因此，药品销售体制的变化，除了带来药品流通环节的重组、整合(原来主要依靠“洗票”获利的中间商业公司将会消亡)以外，对于管理水平低、人力资源匮乏、产品严重同质化的药品生产企业而言，必将带来新一轮并购、重组的浪潮，强者愈强，弱肉强食。